Sekolah Tinggi Ilmu Al Qur’an (STIQ) An Nur Yogyakarta berdiri pada pada tahun 2002 dengan SK Dirjend Pendis No. Dj-II/356/2002 yang diresmikan langsung oleh Menteri Agama RI Prof. Dr. Sa’id Aqiel Husein al-Munawwar, dengan dua program studi (prodi), yaitu Prodi Tafsir dan Hadits (TH) dan Prodi Pendidikan Agama Islam (PAI). Berdirinya TH berdasarkan SK Direktur Jenderal Kelembagaan Agama Islam No Dj. 1/35/2002 tertanggal 23 Oktober 2002.
Berdasarkan keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam No. 1429 tahun 2012 tertanggal 31 Agustus 2012, TH harus dipecah menjadi dua: Ilmu Al-Qur’an dan Tafsir (IAT) dan Ilmu Hadits (ILHA). Keputusan tersebut kemudian diperkuat lagi dengan Keputusan Jenderal Pendidikan Islam No. 3389 tahun 2013 tentang Penamaan Perguruan Tinggi Agama Islam, Fakultas, dan Jurusan Pada Perguruan Tinggi Agama Islam Tahun 2013, tertanggal 3 Desember 2013. Dengan SK tersebut, IAT memfokuskan pada kajian al-Qur’an dan tafsir dengan segala kompleksitas keilmuannya. Sementara, ILHA memfokuskan pada kajian bidang hadits dan ilmu hadits dengan berbagai cabang ilmunya.
Lalu, ketika STIQ An Nur Yogyakarta berubah status menjadi Institut Ilmu Al-Qur’an (IIQ) An Nur Yogyakarta berdasar SK Dirjen Pendidikan Islam Nomor 1925 Tahun 2017, Fakultas Ushuluddin didirikan. Dari sejak itu, IAT dan ILHA secara resmi dinaungi oleh Fakultas Ushuluddin.
Pada periode 2021-2024, Dekan Fakultas Ushuluddin dijabat oleh H.M. Ikhsanudin, M.Si, dengan Wakil Dekan I Arif Nuh Safri, M.Hum. dan Wakil Dekan II Nur Aini, MA. Adapun Ketua Prodi IAT adalah Yuni Ma’rufah, M.Si., sedangkan Ketua Prodi ILHA dipegang oleh Qowim Mushthofa, M.Hum.
Sekolah Tinggi Ilmu Al Qur’an (STIQ) An Nur Yogyakarta berdiri pada pada tahun 2002 dengan SK Dirjend Pendis No. Dj-II/356/2002 yang diresmikan langsung oleh Menteri Agama RI Prof. Dr. Sa’id Aqiel Husein al-Munawwar, dengan dua program studi (prodi), yaitu Prodi Tafsir dan Hadits (TH) dan Prodi Pendidikan Agama Islam (PAI). Pada periode 2002-2006, belum ada Fakultas Tarbiyah. Fakultas Tarbiyah secara resmi didirikan tatkala STIQ An Nur Yogyakarta berubah status menjadi Institut Ilmu Al Qur’an (IIQ) An Nur Yogyakarta dengan SK Dirjend Pendis Nomor 1925 Tahun 2017. Fakultas Tarbiyah menaungi dua prodi, yaitu Prodi Prodi Pendidikan Agama Islam (PAI) dan Prodi Pendidikan Guru Madrasah Ibthidaiyah (PGMI).
Sejak tahun 2017, Fakultas Tarbiyah mengalami dua periode kepemimpinan struktural. Pada periode 2017-2020, Fakultas Tarbiyah dipimpin oleh Dr. Munjahid, M.Ag. sebagai dekan. Adapun Wakil Dekan I Bidang Akademik dipegang oleh M. Subhan Ashari, M.Pd.I., dan Wakil Dekan II Bidang Administrasi dan Kemahasiswaan diamanatkan kepada Lina, M.Pd. Sementara, Prodi PAI dipimpin oleh Ali Mustaqim, M.Pd.I dan Prodi PGMI dipimpin oleh Samsudin, M.Pd.I.
Pada periode berikutnya, yaitu tahun 2021-2024, kepemimpinan Fakultas Tarbiyah mengalami perubahan. Fakultas Tarbiyah dipimpin oleh Dr. Lina, M.Pd., dengan Wakil Dekan I atas nama Samsudin, M.Pd.I., dan Wakil Dekan II atas nama M. Asrofi, M.Pd. Adapun Kaprodi PAI pada periode ini tetap, yaitu Ali Mustaqim, M.Pd.I, sedangkan Kaprodi PGMI dipegang oleh A. Dwi Nur Khalim, M.Pd.
Sekolah Tinggi Ilmu Al Qur’an (STIQ) An Nur Yogyakarta berdiri pada tahun 2002 berdasarkan SK Dirjend Pendis No. Dj-II/356/2002, dan ketika itu masih memiliki dua program studi (prodi), yaitu Tafsir dan Hadits (TH) dan Pendidikan Agama Islam (PAI). Baru ketika STIQ An Nur Yogyakarta berubah status menjadi Institut Ilmu Al Qur’an (IIQ) An Nur Yogyakarta pada tahun 2017 melalui SK Dirjend Pendis Nomor 1925 Tahun 2017, dibukalah tiga fakultas, yaitu Fakultas Ushuluddin, Fakultas Tarbiyah, dan Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam (FEBI). Fakultas Tarbiyah memiliki dua prodi, yaitu PAI dan Pendidikan Guru Madrasah Ibthidaiyah (PGMI). Fakultas Ushuluddin memiliki dua prodi, yaitu Ilmu Al-Qur’an dan Tafsir (IAT) dan Ilmu Hadits (ILHA). Sedangkan FEBI memiliki dua prodi, yaitu Ekonomi Syariah (ES) dan Prodi Perbankan Syariah (PS).
IIQ An Nur Yogyakarta terletak di wilayah sentra ekonomi dan kawasan wisata yang banyak dikelilingi oleh berbagai jenis industri, unit usaha, serta sejumlah lembaga keuangan. Di sisi yang lain, IIQ An Nur Yogyakarta juga merupakan “rumah” bagi orang-orang pesantren. Pada titik inilah maka eksistensi FEBI menjadi sangat urgen, mengingat perannya yang menentukan bagi masa depan hidupnya nilai-nilai al-Qur’an dan kepesantrenan di tengah praktik-praktik perekonomian dan perbankan syariah yang tidak jarang menimbulkan problem-problem sosial-ekonomi yang krusial.
Oleh karena itulah maka FEBI bertekad menghasilkan lulusan yang bukan saja ahli dalam bidang keilmuan ekonomi dan perbankan syariah serta profesional sebagai praktisinya, melainkan hajat hidupnya didasari oleh nilai-nilai al-Qur’an dan kepesantrenan. Untuk itu, dalam pendidikan dan pengajaran, FEBI senantiasa menyelenggarakan studi ekonomi dan perbankan syariah yang berbasis pada al-Qur’an dan kepesantrenan. Adapun dalam rangka mewujudkan Tri Dharma Perguruan Tinggi, FEBI membuka kerja sama dengan berbagai pihak di tingkat lokal, regional, nasional, dan Internasional.