Institut Ilmu Al Qur’an (IIQ) An Nur Yogyakarta resmi menyelenggarakan Program Studi Magister (S-2) Pendidikan Agama Islam (PAI) sejak tanggal 5 Desember 2024 melalui Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 1294 Tahun 2024 tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi Pendidikan Agama Islam untuk Program Magister pada Institut Ilmu Al Qur’an An Nur Yogyakarta. Kuliah pertama untuk angkatan pertama digelar sejak tanggal 28 Februari 2025.
Dr. Moch. Taufiq Ridho, M.Pd. terpilih Ketua Program Studi (Kaprodi) Magister PAI dengan didampingi oleh Muchamad Mufid, M.Pd. sebagai Sekretaris Program Studi (Sekprodi).
Adapun jajaran dosennya adalah sebagai berikut ini:
- 1. Prof. Dr. Said Agil Husen Al-Munawwar, M.A.
- 2. Prof. Dr. Abdul Mustaqim, M.Ag.
- 3. Prof. Dr. Imam Machali, M.Pd.
- 4. Dr. Ahmad Sihabul Millah, M.A.
- 5. Dr. H. Munjahid, M.Ag.
- 6. Dr. H. Khoirun Niat, Lc., M.A.
- 7. Dr. Moch. Taufiq Ridho, M.Pd.
- 8. Dr. Lina, M.Pd.
- 9. Dr. Abdul Jabpar, M.Phil.
- 10. Dr. Muh. Subhan Ashari, Lc., M.Pd.I.
Fakultas Ushuluddin secara resmi berdiri pada tahun 2017 tatkala Sekolah Tinggi Ilmu Al Qur’an (STIQ) An Nur Yogyakarta beralih status menjadi Institut Ilmu Al Qur’an (IIQ) An Nur Yogyakarta melalui SK Dirjend Pendis Nomor 1925 Tahun 2017. Namun, secara historis, program studi (prodi) yang kini berada di bawah naungan Fakultas Ushuluddin, Prodi IAT (Ilmu Al-Qur’an dan Tafsir) dan Prodi ILHA (Ilmu Hadis), telah lahir bersamaan dengan berdirinya kampus.
Ketika berdiri, STIQ An Nur Yogyakarta—SK Dirjend Pendis No. Dj-II/356/2002—memiliki dua prodi, yaitu Prodi TH (Tafsir dan Hadis) dan Prodi PAI (Pendidikan Agama Islam). Berdirinya TH berdasarkan SK Direktur Jenderal Kelembagaan Agama Islam No Dj. 1/35/2002 tertanggal 23 Oktober 2002. Lalu, berdasarkan SK Dirjend Pendis No. 1429 Tahun 2012 tertanggal 31 Agustus 2012, TH dipecah menjadi dua: IAT dan ILHA. Lalu, ketika SK Dirjend Pendis Nomor 1925 Tahun 2017 terbit, IAT dan ILHA secara resmi dinaungi oleh Fakultas Ushuluddin.
Periode 2021–2024, Dekan Fakultas Ushuluddin dijabat oleh H.M. Ikhsanudin, M.S.I., dengan Dr. Abdul Jabpar, M.Phil. sebagai Kaprodi IAT dan Arif Nuh Safri, M.Hum. sebagai Kaprodi ILHA. Sementara, Muhammad Syaifullah, M.A. menjabat sebagai sekretaris fakultas dan Indra Ayu Wibowo, S.M. sebagai staf fakultas.
Fakultas Tarbiyah secara resmi berdiri pada tahun 2017 tatkala Sekolah Tinggi Ilmu Al Qur’an (STIQ) An Nur Yogyakarta beralih status menjadi Institut Ilmu Al Qur’an (IIQ) An Nur Yogyakarta melalui SK Dirjend Pendis Nomor 1925 Tahun 2017. Ketika masih bernama STIQ An Nur Yogyakarta (2002–2017), belum ada fakultas, melainkan hanya program studi (prodi), yaitu Prodi Tafsir dan Hadis dan Prodi Pendidikan Agama Islam.
Kini, Fakultas Tarbiyah menaungi dua prodi, yaitu Prodi Prodi Pendidikan Agama Islam (PAI) dan Prodi Pendidikan Guru Madrasah Ibthidaiyah (PGMI). Dalam sejarahnya, Fakultas Tarbiyah mengalami tiga periode kepemimpinan struktural.
Pada periode 2017-2021, Fakultas Tarbiyah dipimpin oleh Dr. Munjahid, M.Ag. sebagai dekan. Adapun Wakil Dekan I Bidang Akademik dipegang oleh M. Subhan Ashari, M.Pd.I., dan Wakil Dekan II Bidang Administrasi dan Kemahasiswaan diamanatkan kepada Lina, M.Pd. Kala itu, Prodi PAI dipimpin oleh Ali Mustaqim, M.Pd.I. dan Prodi PGMI dipimpin oleh Samsudin, M.Pd.I.
Pada periode 2021-2025, kepemimpinan Fakultas Tarbiyah mengalami perubahan. Fakultas Tarbiyah dipimpin oleh Dr. Lina, M.Pd., dengan Wakil Dekan I atas nama Samsudin, M.Pd.I., dan Wakil Dekan II atas nama M. Asrofi, M.Pd. Adapun Kaprodi PAI pada periode ini tetap, yaitu Ali Mustaqim, M.Pd.I, sedangkan Kaprodi PGMI dipegang oleh A. Dwi Nur Khalim, M.Pd.
Pada periode 2025-2029, Fakultas Tarbiyah dipimpin oleh Dr. Lina, M.Pd. sebagai dekan, dengan A. Dwi Nur Khalim, M.Pd. sebagai Kaprodi PAI, dan Samsudin, M.Pd.I. sebagai Kaprodi PGMI. Selain itu, Mujawazah, M.Pd. menjadi sekretaris fakultas dan Eta Safira Silmiya, S.Ak. sebagai staf fakultas.
Fakultas Eknomi dan Bisnis Islam (FEBI) belum ada ketika Sekolah Tinggi Ilmu Al Qur’an (STIQ) An Nur Yogyakarta didirikan karena, menurut SK Dirjend Pendis No. Dj-II/356 Tahun 2002, kampus berbasis al-Qur’an dan kepesantrenan ini kala itu hanya memiliki dua program studi (prodi), yaitu Prodi TH (Tafsir dan Hadis) dan Prodi PAI (Pendidikan Agama Islam).
Begitu STIQ An Nur Yogyakarta secara resmi berubah status menjadi Institut Ilmu Al Qur’an (IIQ) An Nur Yogyakarta pada tahun 2017, bersama-sama dengan Fakultas Tarbiyah dan Fakultas Ushuluddin, FEBI resmi berdiri melalui SK Dirjend Pendis No. 1925 Tahun 2017. FEBI memiliki dua program studi (prodi), yaitu Ekonomi Syariah (ES) dan Perbankan Syariah (PS).
FEBI bertekad menghasilkan sarjana yang bukan saja ahli dalam bidang ekonomi Syariah dan perbankan syariah, tetapi sarjana yang hajat hidupnya didasari oleh nilai-nilai al-Qur’an dan kepesantrenan. Untuk itu, dalam pendidikan dan pengajaran, FEBI menyelenggarakan studi ekonomi dan perbankan syariah yang berbasis pada al-Qur’an dan kepesantrenan. Adapun dalam rangka mewujudkan Tri Dharma Perguruan Tinggi, FEBI membuka kerja sama dengan berbagai pihak di tingkat lokal, regional, nasional, dan internasional.