Lambang Institut Ilmu Al Qur’an (IIQ) An Nur Yogyakarta adalah lingkaran yang di dalamnya terdapat kitab terbuka dan di atasnya terdapat kubah. Bagian atas, tertulis “INSTITUT ILMU AL QUR’AN AN NUR”. Untuk bagian bawah, terdapat pita yang bertuliskan “IIQ AN NUR ” dan “YOGYAKARTA”. Semuanya terangkum dalam bingkai segi lima.
Lambang tersebut memiliki arti sebagai berikut:
Lingkaran putih: menandakan kebulatan tekad untuk mewujudkan cita-cita melahirkan generasi bangsa yang berjiwa Qur’ani.
Kitab terbuka di atas rekal: kemauan dan tekad untuk selalu mengadakan peningkatan dan memperdalam al-Qur’an serta pengetahuan dalam melaksanakan seruan iqra’.
Kubah: kemauan dan tekad untuk menegakkan panji-panji agama Islam.
Tulisan “INSTITUT ILMU AL QUR’AN AN NUR YOGYAKARTA”: nama resmi perguruan tinggi.
Segi lima: melambangkan dasar negara Pancasila. Artinya, IIQ An Nur Yogyakarta bercita-cita mencetak kader bangsa yang memiliki wawasan kebangsaan serta mencetak generasi yang mempunyai semangat beriman, berilmu, beramal, berakhlak, dan ikhlas.
Arti Warna :
| 1. WARNA HIJAU : | Subur |
| 2. WARNA KUNING : | Kemenangan |
| 3. WARNA PUTIH : | Suci |
| 4. WARNA HITAM : | Keuletan |