Fakultas Tarbiyah secara resmi berdiri pada tahun 2017 tatkala Sekolah Tinggi Ilmu Al Qur’an (STIQ) An Nur Yogyakarta beralih status menjadi Institut Ilmu Al Qur’an (IIQ) An Nur Yogyakarta melalui SK Dirjend Pendis Nomor 1925 Tahun 2017. Ketika masih bernama STIQ An Nur Yogyakarta (2002–2017), belum ada fakultas, melainkan hanya program studi (prodi), yaitu Prodi Tafsir dan Hadis dan Prodi Pendidikan Agama Islam.
Kini, Fakultas Tarbiyah menaungi dua prodi, yaitu Prodi Prodi Pendidikan Agama Islam (PAI) dan Prodi Pendidikan Guru Madrasah Ibthidaiyah (PGMI). Dalam sejarahnya, Fakultas Tarbiyah mengalami tiga periode kepemimpinan struktural.
Pada periode 2017-2021, Fakultas Tarbiyah dipimpin oleh Dr. Munjahid, M.Ag. sebagai dekan. Adapun Wakil Dekan I Bidang Akademik dipegang oleh M. Subhan Ashari, M.Pd.I., dan Wakil Dekan II Bidang Administrasi dan Kemahasiswaan diamanatkan kepada Lina, M.Pd. Kala itu, Prodi PAI dipimpin oleh Ali Mustaqim, M.Pd.I. dan Prodi PGMI dipimpin oleh Samsudin, M.Pd.I.
Pada periode 2021-2025, kepemimpinan Fakultas Tarbiyah mengalami perubahan. Fakultas Tarbiyah dipimpin oleh Dr. Lina, M.Pd., dengan Wakil Dekan I atas nama Samsudin, M.Pd.I., dan Wakil Dekan II atas nama M. Asrofi, M.Pd. Adapun Kaprodi PAI pada periode ini tetap, yaitu Ali Mustaqim, M.Pd.I, sedangkan Kaprodi PGMI dipegang oleh A. Dwi Nur Khalim, M.Pd.
Pada periode 2025-2029, Fakultas Tarbiyah dipimpin oleh Dr. Lina, M.Pd. sebagai dekan, dengan A. Dwi Nur Khalim, M.Pd. sebagai Kaprodi PAI, dan Samsudin, M.Pd.I. sebagai Kaprodi PGMI. Selain itu, Mujawazah, M.Pd. menjadi sekretaris fakultas dan Eta Safira Silmiya, S.Ak. sebagai staf fakultas.
Menjadi penyelenggara pendidikan Islam yang berkualitas dengan wawasan global dan mengedepankan nilai-nilai al-Qur`an dan kepesantrenan.
- Menyelenggarakan pembelajaran bidang pendidikan Islam yang profesional, responsif, dan berwawasan global berbasis nilai-nilai al-Qur’an dan kepesantrenan.
- Meningkatkan kompetensi lulusan bidang pendidikan Islam yang unggul, kompetitif, dan inovatif, serta memiliki jiwa enterpreneur berbasis nilai-nilai al-Qur’an dan kepesantrenan.
- Menyelenggarakan penelitian dan pengabdian kepada masyarakat bidang pendidikan Islam untuk pengembangan keilmuan dan masyarakat madani.
- Meningkatkan kerja sama dengan berbagai pihak, baik tingkat regional maupun nasional.
Menghasilkan sarjana dalam bidang pendidikan Islam yang profesional dan berkualifikasi akademik, berkepribadian Qur’ani, berjiwa kepesantrenan, mampu melaksanakan penelitian, dan berpartisipasi aktif dalam menyelesaikan persoalan sosial-kemasyarakatan, serta mampu membangun kerja sama dengan seluruh komponen masyarakat.
Pendidikan Agama Islam (PAI)
Prodi Pendidikan Agama Islam (PAI) secara resmi berdiri pada tanggal 23 Oktober 2002 dengan No. SK Pendirian PS Dj.1/35/2002 dan No. SK Izin Operasional 1502 tahun 2017. Prodi PAI kini terakreditasi "Baik Sekali" dengan SK BAN-PT No. 909/SK/LAMDIK/Ak/S/XII/2022.
Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah (PGMI)
Prodi Pendidikan Guru Madrasah Ibtida’iyah (PGMI) secara resmi berdiri pada 20 Januari 2015 dengan No. SK Pendirian 361 tahun 2015 dan No. SK Izin Operasional 361 tahun 2015. Prodi PGMI kini terakreditasi B dengan No. SK BAN-PT 7443/SK/BAN-PT/Akred/S/XI/2020.