Institut Ilmu Al Qur’an (IIQ) An Nur Yogyakarta resmi menyelenggarakan Program Studi Magister (S-2) Pendidikan Agama Islam (PAI) sejak tanggal 5 Desember 2024 melalui Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 1294 Tahun 2024 tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi Pendidikan Agama Islam untuk Program Magister pada Institut Ilmu Al Qur’an An Nur Yogyakarta. Kuliah pertama untuk angkatan pertama digelar sejak tanggal 28 Februari 2025.
Dr. Moch. Taufiq Ridho, M.Pd. terpilih Ketua Program Studi (Kaprodi) Magister PAI dengan didampingi oleh Muchamad Mufid, M.Pd. sebagai Sekretaris Program Studi (Sekprodi).
Adapun jajaran dosennya adalah sebagai berikut ini:
- 1. Prof. Dr. Said Agil Husen Al-Munawwar, M.A.
- 2. Prof. Dr. Abdul Mustaqim, M.Ag.
- 3. Prof. Dr. Imam Machali, M.Pd.
- 4. Dr. Ahmad Sihabul Millah, M.A.
- 5. Dr. H. Munjahid, M.Ag.
- 6. Dr. H. Khoirun Niat, Lc., M.A.
- 7. Dr. Moch. Taufiq Ridho, M.Pd.
- 8. Dr. Lina, M.Pd.
- 9. Dr. Abdul Jabpar, M.Phil.
- 10. Dr. Muh. Subhan Ashari, Lc., M.Pd.I.

Unggul dan inovatif dalam pengembangan studi Magister Pendidikan Agama Islam (M-PAI) berbasis nilai-nilai al-Qur’an dan kepesantrenan untuk peradaban global.
- Mengembangkan pendidikan agama Islam yang profesional, responsif, dan berwawasan global berbasis nilai-nilai al-Qur’an dan kepesantrenan.
- Meningkatkan kompetensi lulusan bidang pendidikan agama Islam multidisiplin yang unggul, kompetitif, dan inovatif, serta memiliki jiwa enterpreneur berbasis nilai-nilai al-Qur’an dan kepesantrenan.
- Mengembangkan penelitian dan pengabdian kepada masyarakat bidang pendidikan agama Islam dengan pendekatan multidisiplin.
- Meningkatkan kerja sama dengan berbagai pihak tingkat regional, nasional, dan internasional.
- Menghasilkan calon akademisi pada sekolah/madrasah/perguruan tinggi yang memiliki kemampuan dalam kemampuan pedagogi, kepribadian, profesional, sosial, dan kepemimpinan bidang studi PAI dengan mengintegrasikan perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi yang berlandaskan nilai-nilai al-Qur’an dan kepesantrenan.
- Menghasilkan calon peneliti yang memiliki kemampuan dalam kajian PAI berbasis nilai-nilai al-Qur’an dan kepesantrenan dengan pendekatan normatif, interdisipliner, multidisipliner, kontekstual, transformatif, dan local wisdom.
- Menghasilkan calon konsultan pendidikan yang memiliki kemampuan dalam mengevaluasi kebijakan pendidikan, menganalisis sistem pendidikan, dan penyusunan program pendidikan berbasis nilai-nilai al-Qur’an dan kepesantrenan untuk memajukan pendidikan Islam di Indonesia.
Magister Pendidikan Agama Islam (M-PAI)
Magister Pendidikan Agama Islam (M-PAI) secara resmi berdiri pada tanggal 5 Desember 2024 dengan Nomor SK Izin Operasional 1294 Tahun 2024. Adapun mengenai nilai akreditasi dan nomor surat keputusan BAN-PT masih dalam proses.