Tahfidz al-Qur’an sudah sangat melekat dengan IIQ An Nur Yogyakarta karena memang sejak semula, kampus ini diperuntukkan bagi para penghafal al-Qur’an. Kampus memiliki lembaga khusus tahfidz al-Qur’an, yaitu LTTQ (Lembaga Tahfidz dan Tilawah Al Qur’an). Dengan adanya lembaga ini maka IIQ An Nur Yogyakarta adalah satu-satunya perguruan tinggi di Yogyakarta yang memiliki lembaga tahfidz. LTTQ ini telah meluluskan ratusan penghafal al-Qur’an.
LTTQ bahkan memiliki hak prerogatif mengeluarkan sertifikat bagi hafidz/hafidzah. Sertifikat ini diakuiSertifikasi itu dikeluarkan dengan skema penilaian 5 juz, 10 juz, 15 juz, 20 juz, 25 juz, dan 30 juz. Oleh karena inilah banyak rumah-rumah tahfidz, pesantren, sekolah, lembaga pendidikan Islam, dan lembaga-lembaga lain yang memiliki program tahfidz al-Qur’an bekerja sama dengan IIQ An Nur Yogyakarta dalam konteks sertifikasi tahfidz al-Qur’an.