Program pendidikan di IIQ An Nur Yogyakarta adalah program sarjana (S-1). IIQ An Nur Yogyakarta memiliki tiga fakultas dan enam program studi.
A. Fakultas Tarbiyah
- Program Studi Pendidikan Agama Islam (PAI)
- Program Studi Pendidikan Guru MI/SD (PGMI/SD)
B. Fakultas Ushuluddin
- Program Studi Ilmu Al-Qur’an dan Tafsir (IAT)
- Program Studi Ilmu Hadits (ILHA).
C. Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam (FEBI)
- Program Studi Ekonomi Syariah (ES)
- Program Studi Perbankan Syariah (PS)